O anime segue quatro tartarugas pet que começaram a mutar e se tornaram Teenage Mutant Ninja Turtles. Criados nos esgotos da Cidade de Nova York pelo pai adotivo e as artes marciais Master Splinter, Leonardo, Michelangelo, Donatello e Raphael realizam uma guerra contra o crime. Eles impedem os malfeitores de todas as formas, sejam gangues bárbaras, bandidos baixos, ciborgotas perturbados, ou mesmo o sindicato do crime The Foot, liderado por seu arquiteto The Shredder. A temporada 6 é lançada pela primeira vez em 29 de julho de 2006.